Koichi Higashi

New preprint: A large language model (LLM) powered framework for fully automated extraction and harmonization of subject metadata from research papers. Applied to human gut microbiome studies: - 26,435 papers processed - 400,000+ samples integrated - Metadata now searchable

Is euchromatin really “open”? 🧬Our new study @bioRxiv suggests otherwise. Using super-resolution imaging🔬　@shiori_iida @MasaAShimazoe reveals: Euchromatin forms condensed domains in live cells. Cohesin constrains them and prevents domain mixing. 🔗biorxiv.org/cgi/content/sh… (1/3)

Our new paper is out @ScienceAdvances👇 science.org/doi/10.1126/sc… 🧬Our Repli-Histo labeling marks nucleosomes in euchromatin and heterochromatin in live human cells. 🔍@katsu_s_minami et al.have developed a chromatin behavior atlas within the nucleus. 1/2

ChatGPTの画像生成は、研究発表のスライドで使う簡易的な概略図がほしいけど図を作るのがめんどいときに便利。でもシンボリックな表現は調整が難しい

DeepReseachが解析対象を学術論文に限定してくれず一般科学記事ばかり探すのにイライラしたので、学術論文検索の結果だけからレビューを書かせるMCPサーバを作った。Europe PMC検索でクエリは自動で構築・調整、参考文献リストもしっかりしてる。MCP準拠でClaude Desktopに統合可能。

OpenAIのブラウザ自動操作エージェントOperatorで、ウェブツール使った進化系統解析の自動化（失敗） MAGデータセットに相同性検索して配列取得、MSA計算、進化計算、系統樹描画。 おたおたして可愛げがあるけど、とにかくコピペが絡む操作が苦手

レビュー生成の問題点。 ・PubMed指定しても一般記事を優先して探索しちゃう ・そのせいで学術誌の総説風に出力させようとすると文献リストがデタラメになる ・調査がブラウザアクセス限定？APIアクセスできないっぽい。少なくともpython実行環境持ってないっぽい

Deep research、たしかにそこそこ使える。2024年の研究動向調査とレビュー執筆。調査範囲のコントロールが難しい。

L-formにおけるFtsZとNucleoid occlusionに関するおもしろい実験、解析で少し参加させていただきました。 nature.com/articles/s4200…

@ajhjhaf 引用数はノイズ多くてわかんないけど、論文数は中下位は綺麗にべき。上位は別のレジームかも。飽和してる感じ。

@level3defless 直感的には引用数がランクに対して冪乗分布になってそうなんですけど、そうなるんですかね？

羊土社から来月出る「デルジーン」、PubMed論文に登場する順にヒト遺伝子を紹介するおもしろいコンセプトの本（買います） いい切り口だなと思ったので、アイディアをパクって、「デルジーナス PubMed論文に登場する順 細菌・古細菌の属 Top1000」を作った。 derugenus.vercel.app

解析手順のコード。 github.com/khigashi1987/D… PythonはClaude生成, Next.jsはv0生成, 文章はgpt-4o-mini生成。

解析手順。 1. NCBI Taxonomyから原核生物Genusラベル取得 2. PubMed APIで論文ヒット数取得 3. EuropePMC APIで引用回数上位論文取得 4. LLMでGenusごとに要約生成 5. v0でフロントエンド生成、Vercelでデプロイ

Automatically process PDFs, Excel & DB records into unified metadata for cross-study analysis. Available at: 🔧 github.com/khigashi1987/E… 📊 github.com/khigashi1987/E… 🌐 embersdb.jp

New preprint: A large language model (LLM) powered framework for fully automated extraction and harmonization of subject metadata from research papers. Applied to human gut microbiome studies: - 26,435 papers processed - 400,000+ samples integrated - Metadata now searchable

Excited to share our new paper @HCB special issue celebrating the Centennial of the Feulgen Reaction. bit.ly/3WDhiah My Ph.D. students @semeygazin @shiori_iida revealed behaviors of nucleosomes with mutated H4 in living human cells using single-nucleosome imaging. (1/2)

Our new paper is out @Chromosoma_EB bit.ly/3TdIeeF My Ph.D. students @Aoi_Otsuka_ @katsu_s_minami studied chromatin organization/behavior in an oncogenic RAS-transformed mouse cell line. They found nucleosomes are more constrained in the transformed cells. Congrats!(1/2)