ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧

「scRepli-RamDA-seq」を発表! 平谷研(RIKEN)のscRepli-seq、竹林研(三重大)の核酸分離、我々のscRamDA-seqを融合させた「日本発」技術の結晶です。1細胞から高解像度DNA複製プロファイルと完全長Total RNAを同時取得するマルチオミクス技術です nature.com/articles/s4146…

@jseita ヒットしまくりです！

@dritoshi まだ老眼問題とかヒットしてないん？ええのぅ

執筆環境(スマホ版) フリック入力できない界隈

執筆環境 (パソコン版)

@tonets ちゃんとレポジトリみて、PDFをビルドしていて流石です

こちらのpdf版です！読みやすい！

抹茶だ

@ma_ko 反映しました!

@dritoshi ありがとうございます、main ブランチへの反映はまだっぽかったのでタイミングはお任せします👍️

プログラミング初心者な実験生物学者がVibe codingで研究加速するうえで知っておきたいコンピュータサイエンスやプログラミング、バイオインフォの基礎だけを抽出したドキュメントを公開しました 。「はじめに」だけでも読んでみてください。URLは次の投稿で

@ma_ko 直しました。公式ドキュメントへのリンクも入れました。

@ma_ko ありがとう。直したつもりだったのですが忘れてたみたい。直しておきます。

東洋紡さんと一緒に開発したTn5ベースのライブラリ作製キットが販売されました！ 他社さんのキットと比べてGCバイアスが少なくカバレッジも改善されます。 GenNext® RamDA-seq® Single Cell Kit [Code No.RMD-101, RMD-101T]とも組み合わせ可能です。 lifescience.toyobo.co.jp/detail/detail.…

移動中スマホで読みたいひとはgithubの公式アプリがおすすめです。apps.apple.com/jp/app/github/… play.google.com/store/apps/det…

AI for Science萌芽的挑戦研究創出事業（SPReAD）の情報きたよ

このドキュメント自体をAIエージェントとともに書いています。もし執筆環境や手法に興味があればどこかに書きます。

ウェット研究者にバイオインフォコーディング作法を伝えるということは、バイオインフォ研究開発の暗黙知をあぶり出す作業でもありました。ウェット実験の暗黙知をあぶり出すメタ研究も始めました。AIエージェントをフル活用しています。研究スタッフを募集中です。bioskilldx.github.io

すみません。ドキュメントと控えめに表現しましたが、A4版で600ページ超えで、書籍なら上下巻で出版するレベルの文量です

Vibe codingの最新の知見もふんだんに含まれていますが、その部分が色褪せないようAIエージェントを使って常に更新していく予定です。

本書はそこを埋めるために、ラボメンバーに向けて書いたものです。ただほかのラボやバイオインフォ以外の研究分野でも参考になる部分が多いはず。またVibe codingは日々発展していますが、それでも色褪せない前提知識について書いているつもりです。

Vibe codingの登場でプログラミング作法やCSの知識なしにいきなり大規模で複雑なコーディングが一見できるが、それらの知識がないと完成に至らなかったり、間違えたものを間違えた方法で作りかねません。

トップジャーナルに出たとあるバイオインフォツールで、githubのコードが壊れていて動作しないソフトウェア（よくある）をPythonでフルスクラッチで移植して自分たちに必要な機能の追加や高速化を実現したりしています

うちのラボのウェットなスタッフたちもほぼプログラミング初心者でしたが、Vibe codingを日常的に研究に取り込んでいます。例えば、自分たちで開発したDNAシーケンス技術で得た大量の塩基配列の傾向を分析したりフィルタするツールキットやビューアを作ってみたり、

@jseita Web日記! tDairy!

やべぇ、ブログ時代の熱さを思い出させる、いきなりの守護神ｷﾀ―――(ﾟ∀ﾟ)―――― !!