バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト

ポッドキャスト新エピソードです！ 理研でPIをされている荻沼政之先生をゲストに、pHや解糖系の勾配による発生タイミングの制御、キリフィッシュを用いた休眠研究、遺伝研でのPhD生活からフランス/アメリカにわたるポスドク生活、これからの展望についてお聞きしました open.spotify.com/episode/60oBZL…

生体分子凝縮体の形成を制御するタンパク質断片の設計 AlphaFold2をベースとした構造予測技術FragFoldにより、凝縮体の形成を抑制/促進するタンパク質断片を同定。がんや神経変性疾患の治療標的となるタンパク質の制御を可能に。また新たな凝集体形成機構の発見も biorxiv.org/content/10.648…

休眠リボソームからの翻訳再開メカニズム 飢餓状態の細胞をCryo-ETで観察し、未知の電子密度から新因子のSNORを同定。SNORはリボソームに結合し、飢餓からの回復時にタンパク質合成を再開するライセンス因子として機能。欠損で休眠からの回復に異常 手法も因子も面白いです nature.com/articles/s4158…

タンパク質のエネルギーランドスケープを明らかに 水素・重水素交換質量分析をマルチプレックス化した手法を確立し、多数のタンパク質の構造の揺らぎを測定することに成功。同じような基本構造でも内部の構造の柔軟性には差がある。さらに機械学習によりそのルールにも迫る nature.com/articles/s4158…

細胞の電場センサーGalvaninの発見 組織が損傷すると微弱な電場が発生し、細胞を傷口に導くことが知られていた。今回CRISPRスクリーニングにより、膜貫通タンパク質Galvaninが電場センサーの実態であること、負電荷の細胞外ドメインが重要であることを発見 おもしろい！ cell.com/cell/fulltext/…

ノンコーディングRNAによるRNA足場構造 Alu repeatを含むRNAがアクティブな遺伝子を核スペックル周辺へ集め、RNAプロセシングを促進するというモデルを提唱。これを阻害すると赤血球分化が異常になったりする。 反復配列にそんな機能が cell.com/molecular-cell…

抗体の安定性を制御するルールに迫る 抗体の抗原への親和性を高めるとタンパク質構造安定性が減少し、製造効率の低下や予期せぬ免疫反応をもたらすことがある。今回大規模アッセイと機械学習を用いて抗体の安定性を制御するルールを解析。これによりより抗体のデザインも nature.com/articles/s4159…

特定の細胞を狙って除去 Casの一種Cas12a2を用いて、特定のRNAを感知することで二本鎖DNA切断を起こして細胞死を誘導すうる系を確立。例えばがんでみられる変異KRAS G12Cを感知して変異をもつがん細胞の特異的除去に成功 面白そうなツールです nature.com/articles/s4158…

RNAシャペロンによるタンパク質凝集の抑制 神経変性疾患の原因となるタンパク質 TDP-43の凝集を抑制/解消する短鎖RNAを発見。RNA認識モチーフに結合し、結果として凝集しにくい構造にするらしい。すでに凝集したタンパク質を脱凝集させることも可能 science.org/doi/10.1126/sc…

ヒトのタンパク質カタログを拡張する ヒトのタンパク質は2万程度とされてきたが、メタ解析を行うことで非典型の翻訳産物候補7,264個を同定。これらの機能不明の翻訳産物をペプチデインとする概念を提唱。さらにノンコーディングRNA由来タンパク質の機能も明らかに nature.com/articles/s4158…

鉄による脳ネットワークの変化(Ferroplasticity) 社会的孤立によって腹側海馬の神経細胞で過剰な鉄の蓄積が起きるらしい。この鉄の蓄積により神経細胞の性質と形態の変化がおき、不安用症状につながる。逆に鼻から鉄のキレート剤を投与することで不安用症状が改善するとか cell.com/cell-metabolis…

哺乳類細胞で長いDNAを精密に挿入するプライムアセンブリ 最大11kbもの巨大な配列を狙ったゲノム位置に挿入する新手法プライムアセンブリを開発。単鎖DNAフラップを用い、リコンビナーゼ不要で挿入痕跡が残らない利点。CAR-T細胞のエンジニアリングで実証 便利そうです nature.com/articles/s4158…

遺伝子の並びで発現を制御 隣接する遺伝子の配置順序や向きによって遺伝子の発現パターンが影響を受ける。遺伝子の配列順序を変えるだけで発現量やノイズの制御が可能に。例として抗体産生において発現量を4倍向上させることに成功 science.org/doi/10.1126/sc…

19種のアミノ酸による生命体の設計に向けて AIと合成生物学を駆使して、リボソーム内の全イソロイシン残基をなくした大腸菌の作成に作成。Ileとは性質の異なるArgやHisとの置換により機能を維持するなどの発見も。初期生命の進化過程の解明や、人工的な生命システムの設計へ science.org/doi/10.1126/sc…

天然変性ドメインによるシグナル伝達の協調 T細胞の活性化に重要な天然変性タンパク質をモデルに、アミノ酸変異とアウトプットを網羅的に計測。一つの変異が複数の異なるシグナル経路に影響を及ぼす。多数のエフェクターを凝集さえ手協調的に働くモデルを示唆 science.org/doi/10.1126/sc…

抗CRISPRタンパク質によるmRNA分解 CRISPR-Cas12aを無効化する抗CRISPRタンパク質"AcrVA2"が、従来の阻害因子と異なる翻訳中のCas12 mRNAを分解する機構を持つことを報告。標的となるCas12aタンパク質のN末端アミノ酸配列を直接認識。エンジニアリングへの応用も nature.com/articles/s4158…

細胞核内にも糖鎖が 細胞質や細胞表面に限定されると考えられていた糖鎖修飾が細胞核内にも存在することを報告。特に核膜内膜タンパク質がN型糖鎖修飾を受け、クロマチン構造の維持に貢献。この修飾を阻害するとレトロトランスポゾンの再活性化が起きる びっくりです nature.com/articles/s4155…

Pボディ制御による免疫回避 植物病原細菌の一種が、宿主のPボディ形成を促進し翻訳を阻害することで、自らに有利な環境を作っていることを報告。また小胞体ストレスの抑制によりPボディ蓄積を維持。植物が防御タンパク質を十分に作れなくなるらしい 面白い仕組みです science.org/doi/10.1126/sc…

心臓にがんができにくい原因に迫る 心臓にはがんができにくいらしい。その原因として心臓特有の拍動や圧力ががん細胞の増殖を抑制する機構を報告。核膜タンパク質が物理的な力を感知し、クロマチン構造の変化を通じて細胞増殖を抑制するらしい science.org/doi/10.1126/sc…

核膜の出芽によるmRNAの核外輸送 長いmRNAはサイズも大きく、核膜の大きさを超えるためどのように核外に輸送されるのか不明な点が多かった。今回、核膜から出芽した小胞によるmRNA運搬機構が存在すること、さらにそのメカニズムを報告 そんな仕組みがあるんですね cell.com/cell/fulltext/…

細胞死制御因子カスパーゼの意外な機能 炎症性カスパーゼとして知られるカスパーゼ5がヒト腸管上皮に特異的に発現し、細胞の増殖や組織再生に貢献することを報告。タンパク質複合体の分解に寄与するらしい。長官損傷時や炎症性腸疾患の応答にも大事かも そんな機能が、 nature.com/articles/s4158…