Lab for Physical Biology, RIKEN

Lab for Physical Biology (RIKEN BDR): theory×experiment on cells & multicellular systems, chirality, polarity, mechanics, morphogenesis, collective behaviors, active matter. 理研BDR フィジカルバイオロジー研究チーム：細胞・多細胞の物理生物学. 論文・連絡先: phb.riken.jp

研究員の募集 細胞や組織のメカニクスで生まれる生命の秩序に関する理論的研究(riken.jp/careers/resear…) 細胞や組織のメカニクスに実験的にアプローチ。特に、細胞や多細胞のキラリティ・左右非対称性に関わる研究。(riken.jp/careers/resear…) ご興味のある方はお問い合わせください

Open research position in my group at RIKEN BDR, Kobe, Japan. We seek candidates with a strong background in theoretical biophysics/modeling to study cell and tissue mechanics through close interaction with experiments. Details: riken.jp/en/careers/res…

Our paper is now online! How can we describe active agents—filaments and cells—on curved surfaces? How does curvature affect their collective behavior? We develop a simple geometric framework and show that flocking depends on curvature heterogeneity. doi.org/10.1103/mxgg-9…

Congratulations, Kyogoku-san and Kitajima-san! We are happy to have contributed a theoretical model that helps explain their data on nuclear volume growth.

New preprint: How is multicellular handedness determined? The same cell chirality can produce opposite multicellular handedness. Just as a car move forward or backward from the same engine rotation. By @TomokiIshibashi, et al. doi.org/10.64898/2026.…

It was great to host Robin Bölsterli, a PhD student from the Niels Bohr Institute at the University of Copenhagen. He shared his ongoing collaborative work with Hirashima-san (@hirashima0203), and we had a great discussion.

We also contributed.

【オンライン開催📢】 大学院進学希望の皆さん、#連携大学院 の学生として理研で研究してみませんか？ 理研生命機能科学研究センター(BDR)で、「連携大学院研究室見学会」の参加者を募集中です。 開催日時：4月11日(土)13:00～ 参加方法、詳細⬇️ riken.jp/pr/events/lect…

Tatsuo @TatsuoShibata25 will speak at the upcoming EMBL symposium! Looking forward to great discussions on collective behavior in living systems. 次回のEMBLシンポジウムで講演します。生命システムのcollectivityについて議論できるのを楽しみにしています！ #EESCollectivity @EMBLEvents

We hosted Prof. Stephan Grill (@StephanGrill; MPI-CBG Dresden, @mpicbg, @PoLDresden) for a BDR seminar (@BDR_RIKEN) on Feb 12, followed by a full day of discussions. Thank you, Stephan, for a fantastic talk!

『現代化学』(@tkd_pbl) 2026年1月号の「FLASH」に寄稿しています。山本さん(@takaki_yamamoto)・石橋さん(@TomokiIshibashi)の論文の紹介です。

#Molecular #Chirality in cytoskeletal proteins drives cellular rotation, offering new insight into how left–right asymmetry emerges in tissues and organs from the molecular to the cellular level. @riken_en @elife doi.org/hbgmcb phys.org/news/2025-12-c…

【arXivプレプリント】細胞やタンパク質が曲面上を動き、集団として秩序化する過程を記述する幾何学的フレームワークを提案しました。曲率とアクティブエージェントのダイナミクスを結び付けます。doi.org/10.48550/arXiv… #ActiveMatter

New arXiv preprint: I develop a geometric framework to describe how cells and proteins move and collectively organize on curved surfaces, linking curvature to the dynamics of active agents. doi.org/10.48550/arXiv… #ActiveMatter

【bioRxivプレプリント】Kalman-filter Force Inference（KFI）：上皮形態形成のタイムラプス・イメージングデータから、細胞の力（細胞間接着の張力と細胞圧）を動的にベイズ／カルマンフィルターの枠組みで推定します。doi.org/10.64898/2025.… #Mechanobiology #Morphogenesis

New bioRxiv preprint: Kalman-filter Force Inference (KFI) estimates dynamic cellular forces (junction tensions and cell pressures) from time-lapse data of epithelial morphogenesis using a Bayesian/Kalman framework. doi.org/10.64898/2025.… #Mechanobiology #Morphogenesis

プレプリント:連続供給のある“開放系”で、Dictyostelium KI細胞がcmスケールの多腕スパイラル（時計回り）を形成。実験＋開放系キラルVicsekモデルにより、微弱な単細胞キラリティと供給フラックスが巨視的キラル秩序を生む原理を示します。 doi.org/10.48550/arXiv…  #ActiveMatter

New preprint: Chiral multi-armed spirals emerge in migrating cells under continuous supply. Experiments (Dictyostelium KI)+ an open chiral Vicsek model show how weak single-cell chirality + continuous supply generate macroscopic chiral order. doi.org/10.48550/arXiv… #ActiveMatter

分子スケールのキラリティが細胞スケールのキラリティへどう伝わるのか：本研究は eLife のレガシーモデルで受理・出版されました。動的な同心円状アクトミオシンパターンが細胞キラリティを駆動することを、イメージング・超解像顕微鏡・理論モデルで示しました。doi.org/10.7554/eLife.…

How chirality goes from the molecular scale to the cellular one: our @eLife paper on a dynamic concentric actomyosin pattern driving cell chirality, revealed by imaging, super resolution technique, and a theoretical model. doi.org/10.7554/eLife.…