はじめての環境DNA

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#環境DNA 分析やゲノム解析に関する情報を発信しています🧬フォローやご質問はお気軽に🐟/ Tweets are my own, not views of my employer / #eDNA #はじ環 / bsky: https://t.co/hV6FCCIwOe

京都 & 滋賀 Katılım Mayıs 2020
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はじめての環境DNA@eDNA_startup·
環境DNA学会のマニュアル📖が更新されていたので「環境DNAに関するマニュアル・手引き」の項目を更新しました🎉 よかったら見てみてください 。 #はじ環 edna-blog.com/blog/paper-lis…
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スパコンのglibcが古くて普段使っているnvimがインストールが使えなかったので、nvimが要求するglibcをビルドしつつ、patchlfでnvim自体の内部設定を変更して使えるようにした記事を公開しました。 よかったら見てみてください📖 #はじ環境 zenn.dev/edna_startup/a…
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大したことはないのですが、iqtreeでML系統樹作成時に不変サイトの除去を行うスクリプトを作成しました。 github.com/NaokiShibata/i… raxml_ascbias.py だとstacksのpopulations.snps.vcfを vcf2phylip.py でPHYLIP形式に変換したファイルで、不変サイトが残る状況が発生してました。 一応、raxml_ascbiasのリポジトリのデモデータで同じ結果が得られることは確認しました。
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nf-metro (pinin4fjords.github.io/nf-metro/0.6.1/) だと、mermaid ファイルから MetroMapを作れるらしい。 コンテナ環境も提供してくれてるから、Singularityですぐ導入できるのもいい。drawioで作成するのちょっと面倒なんですよね。
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SlurmサーバーによるBRAKER4の実行例と、RTX5060Ti を搭載したPCでFANTASIAによるProtT5タンパク質言語モデル埋め込みによる機能的GOアノテーションの実行を追加しました。 興味があったら見てみてください。 #はじ環 zenn.dev/edna_startup/a…
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遺伝子アノテーションツールであるBRAKER4を実行してみた記事を作成しました。 snakemakeで再実装され、BUSCO/compleasmなどのQCツール自動実行や、その結果を踏まえてAugustusのgene modelを補正するといったアルゴリズムの更新もあります。 興味があったら見てみてください。 #はじ環 zenn.dev/edna_startup/a…
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【募集開始】自然共生・環境DNA体験ワークショップ - ぐんまネイチャーポジティブ推進プラットフォーム - 群馬県ホームページ(自然環境課) pref.gunma.jp/site/naturepos…
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