はじめての環境DNA

環境DNAのブログページを更新しました🎉 edna-blog.com 情報集約ページが探しにくかったので、アクセスしやすいようにまとめました。 メタバプライマー 🧬 edna-blog.com/metaba-primer/ 論文・プライマー検索 📖 edna-blog.com/blog/ednapaper/ よかったら見てみてください 。 #環境DNA #はじ環

環境DNA学会のマニュアル📖が更新されていたので「環境DNAに関するマニュアル・手引き」の項目を更新しました🎉 よかったら見てみてください 。 #はじ環 edna-blog.com/blog/paper-lis…

環境DNAのブログページを更新しました🎉 edna-blog.com 情報集約ページが探しにくかったので、アクセスしやすいようにまとめました。 メタバプライマー 🧬 edna-blog.com/metaba-primer/ 論文・プライマー検索 📖 edna-blog.com/blog/ednapaper/ よかったら見てみてください 。 #環境DNA #はじ環

pipxじゃなくてpixiでした..。 github.com/prefix-dev/pixi

pipxがとても便利。 pipx.pypa.io/stable/

スパコンのglibcが古くて普段使っているnvimがインストールが使えなかったので、nvimが要求するglibcをビルドしつつ、patchlfでnvim自体の内部設定を変更して使えるようにした記事を公開しました。 よかったら見てみてください📖 #はじ環境 zenn.dev/edna_startup/a…

大したことはないのですが、iqtreeでML系統樹作成時に不変サイトの除去を行うスクリプトを作成しました。 github.com/NaokiShibata/i… raxml_ascbias.py だとstacksのpopulations.snps.vcfを vcf2phylip.py でPHYLIP形式に変換したファイルで、不変サイトが残る状況が発生してました。 一応、raxml_ascbiasのリポジトリのデモデータで同じ結果が得られることは確認しました。

nf-metro (pinin4fjords.github.io/nf-metro/0.6.1/) だと、mermaid ファイルから MetroMapを作れるらしい。 コンテナ環境も提供してくれてるから、Singularityですぐ導入できるのもいい。drawioで作成するのちょっと面倒なんですよね。

SlurmサーバーによるBRAKER4の実行例と、RTX5060Ti を搭載したPCでFANTASIAによるProtT5タンパク質言語モデル埋め込みによる機能的GOアノテーションの実行を追加しました。 興味があったら見てみてください。 #はじ環 zenn.dev/edna_startup/a…

遺伝子アノテーションツールであるBRAKER4を実行してみた記事を作成しました。 snakemakeで再実装され、BUSCO/compleasmなどのQCツール自動実行や、その結果を踏まえてAugustusのgene modelを補正するといったアルゴリズムの更新もあります。 興味があったら見てみてください。 #はじ環 zenn.dev/edna_startup/a…

環境DNAのブログページを更新しました🐟 MeRIP-seqによる魚類の環境RNA(m6A)の温度応答解析 edna-blog.com/blog/meripseq_… よかったらみてみてください。 #環境RNA #eRNA #はじ環

環境DNAビッグデータと深層学習で解き明かす沿岸魚類群集の変動と予測技術の創出 (KAKENHI-PROJECT-26H02342) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

サンゴ礁の静寂と変容の痕跡：水中音・環境DNAとの統合解析による攪乱影響の可視化 (KAKENHI-PROJECT-26K03095) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

環境DNA系統地理と全ゲノム系統地理データに基づく広域分布淡水魚４種群の保全 (KAKENHI-PROJECT-26K08866) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

環境DNAを用いたメタ群集・生物階層横断的アプローチによる河川魚類多様性の理解 (KAKENHI-PROJECT-26K15234) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

人里海域を環境DNAで”見える化”するビジュアル資料構築：相模湾産魚類をモデルに (KAKENHI-PROJECT-26K16176) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

環境DNAを用いた生物多様性推定における調査地点の選択バイアス評価とその最適化 (KAKENHI-PROJECT-26K17507) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

環境DNAによる交雑進行度の"見える化"：迅速な保全地域設定に向けて (KAKENHI-PROJECT-26K18078) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

樹幹流を用いた環境DNAによる樹上生物多様性モニタリングの再現性向上と実証的検証 (KAKENHI-PROJECT-26K15245) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

冬季モニタリングを基盤とした水生昆虫環境DNAによる現存量推定 (KAKENHI-PROJECT-26K18074) kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKEN…

【募集開始】自然共生・環境DNA体験ワークショップ - ぐんまネイチャーポジティブ推進プラットフォーム - 群馬県ホームページ(自然環境課) pref.gunma.jp/site/naturepos…