Tommi Nyrönen

@ewanbirney I think it is more the process: a Finn comes to a meeting. Declares a role in public. Feels a bit ashamed for speaking in public. Sticks to it no matter what.

Finnish people are super careful about roles and responsibilities. People should act within their role (and know their role) and "double hats" (or more) - quite common in British schemes - are frowned on. In one meeting you have one role.

A short, personal thread on what is odd about other cultures when interacting with Brits, and then also what I think is odd about Brits when interacting with other cultures - highly, highly personal, but from >30 years working internationally.

@GDI_EUproject 1st workshop in Villa Aske, #sweden. 65 experts from 18 countries in Europe are making a software bundle for genomic data infrastructure services. @DIGITALEUROPE @ELIXIREurope github.com/GenomicDataInf…

CSC has signed the Federated EGA contract! This is an important step towards safe reuse of sensitive human data across borders. Read more: csc.fi/en/-/csc-has-s… @EGAarchive @ELIXIRFinland @ELIXIREurope @NeICnordic @emblebi @CRGenomica @NBISwe @UiB

How to organise your precious data? Learn how to leverage existing data services to get to the next level! Lessons are for everyone and have been derived from @ELIXIREurope @CSCfi know-how. Aineistonhallinnan koulutus yhteistyössä: Case Oulu x CSC csc.fi/uutiset/-/asse…

Call for workshops, special interest groups & tutorials is open for #ECCB2022! Don't miss your opportunity to submit! 🏁 Deadline 17 Feb

15/15 Uusia virus- ja bakteerityyppejä löytyy koko ajan merestä ja maaperästä. Koronavirus on osoittanut voivansa saada yhteiskunnat sekaisin. Siksi on tärkeää varautua tulevaan lisäämällä systemaattisesti ymmärrystä luonnosta molekyylitasolla. @AvoinTiede @ELIXIREurope

14/15 Elävän luonnon molekyylien kirjo on laajempi asia kuin koronavirusepidemia. Virustutkimuksessa on havaittu 5 348 579 eri toiminnallista molekyyliä, joista ainoastaan 17 039 on hyvin luokiteltu systemaattisella tavalla. Työn alla on 5 331 540. uniprot.org/taxonomy/10239

13/15 Yksilöllisiä koronaviruksia on paljon. Viimeisimmän EU COVID-19 portaalipäivityksen mukaan tunnetaan yli 50 000 koronavirusvarianttia, joilla on molekyylitasolla eroja keskenään. who.int/en/activities/… / covid19dataportal.org/phylogeny-tree @emblebi

12/15 Euroopan tasolla epidemiologit tekevät tutkimuksen ja COVID-19 -portaalin molekyylibiologisen datan perusteella "Emerging Virus" kuukausiraportteja. veo-europe.eu

11/15 Käytännössä eri maiden tutkijat julkaisevat omat datansa avoimesti tilastollisten analyysien muodossa. Näistä muodostetaan yleiskuvaa, minkälaiset perinnölliset piirteet ihmisessä altistavat koronavirusinfektion aiheuttamille taudeille. covid19hg.org @FIMM_UH

10/15 Euroopan virusdataportaalissa ei ole ihmisiin suoraan liitettyä dataa, koska #tietosuoja kehittyy vielä. Tavoite on, että Suomi olisi tänä vuonna Ruotsin kanssa vaaditulla tasolla teknologisesti, osana Euroopan laajuista yhteistyötä. @ELIXIREurope @CSCfi @B1MG_Project

9/15 Mikäli haluaa molekyylimaailmassa syvemmälle, kansainvälinen proteiinirakennetietopankki tekee koko ajan uusia visualisointeja, joissa havaitut variantit on tulkittu suoraan viruksen proteiinien rakenteisiin. Lähde: cdn.rcsb.org/news/2021/geno…

8/15 Viruksen evoluutiossa erityisesti viruksen tarttumisen kannalta tärkeän pinnan piikkiproteiinin kärjen molekyylirakenteet - toisin sanoen aminohapot, joita perimän nukleotidit koodaavat - muuttuvat kolmiulotteisesti eri varianttien välillä. @buildmodels

7/15 Virus muodostaa kiihkeällä tahdilla uusia sukupolvia ja variantteja satunnaisesti, ja näistä varianteista kilpailukykyisimmät selviävät luonnollisen valinnan kautta uusiin virussukupolviin. @emblebi

6/15 Ihmisten ja koronaviruksien vuorovaikutus ja datan analyysi on monimutkaista. Jokainen reagoi ainakin vähän eri tavalla virukseen riippuen mm. iästä, elintavoista ja kehossa jo olevasta infektiotaakasta #infektiotaakka. @emblebi @thl @fimm

5/15 Immuunipuolustusjärjestelmässä on karkeasti kolme tasoa. Virus läpäisee tarttuessaan limakalvojen pintasolukon. Toinen suojakerros on verenkierron tasolla, elimistön vasta-aineet kehossa vaikuttaville vieraille molekyyleille. Keskushermostolla on vielä oma suojansa.

4/15 Portaalista saa kuvan mitä molekyylibiologista dataa, mm. nukleotidisekvenssejä ja proteiinirakenteita viruksesta tunnetaan. Pyrkiessään kopioimaan itseään virus vaikuttaa isäntäolion biologiaan ja taistelee (ihmisen) immuunijärjestelmän kanssa. @CSCfi @ELIXIRFinland

3/15 Tämän ja tulevien pandemioiden ehkäisyssä, hoidossa ja hallinnassa on syytä kerätä ja tutkia virusten molekyylibiologian tason dataa. Euroopan tietopankkiin on talletettu jo yli 3.000.000 viruksen perimä. covid19dataportal.org @ELIXIREurope @CSCfi @emblebi @EuroHPC

2/15 Kuka tahansa voi seurata, mitä avoimesti saatavilla olevasta molekyylibiologisesta viruksista kerätystä molekyylibiologian datasta voi tulkita. veo-europe.eu

1/15 Koronapandemia on piinannut maailmaa jo kahden vuoden ajan. Omikron-aallon huippu lähestyy - tässä sarjatweetissä on asiaa suomeksi SARS2-CoV -viruksesta molekyylibiologian tasolla. @ELIXIREurope @CSCfi @emblebi @EuroHPC @ELIXIRFinland