Pavel Yakovlev

@ravishar313 @Ag_smith Claude is really bad in geometry in shading code, so it was primary manual. Also, before I started, I have created ~80kb text file describing all of architecture decisions and patterns. As the code base became really big, it much faster for me to fix something by hands w/o LLMs.

@zmactep @Ag_smith Oh nice, I will be trying it out. I saw your tweet that it was with the help of claude code, how much did you have to do manually? Just curious.

PyMOL-RS zmactep.github.io/pymol-rs/ Rustで作り直したPyMOL Cootのスプラッシュもそうなんだけど、なぜ構造生物学業界の分子viewerには当然のようにDOOMネタが多いのか 「はい、もちろんDOOMも動かせますよ(ﾆｺﾆｺ」

@ravishar313 @Ag_smith All of PyMOL features that I really use every day are already working. Selection algebra, alignments, trajectory imports, isomeshes, python scripting and so on. For now I am trying to make it more user friendly (e.g. look at ray tracing toolbar in last release).

@zmactep @Ag_smith Great work man! Is it full feature parity with PyMol yet? I would want to use it for some of my projects

@ravishar313 @Ag_smith It started as just-for-fun project, but now PyMOL-RS is my own basic molecular visualization tool.

@Ag_smith Yesterday, I was just thinking that someone who knows rust (not me) should rewrite pymol to it. Good stuff!!

Launched an interactive tutorial that I've always wanted to get during my scholarship. zmactep.github.io/pymol-rs/docs.…

I've spent several nights over the last month doing this with @claudeai. I never thought that I would be able to master such a huge project alone. We live in an amazing time. github.com/zmactep/pymol-…

Первый совместный проект с академией, первая статья в Nature Medicine, первый в классе препарат. Теперь уже продукт. tass.ru/obschestvo/206…

Targeted depletion of TRBV9+ T cells induces remission in a single ankylosing spondylitis patient, with significant improvements in functional and mobility metrics #Immunotherapy #AnkylosingSpondylitis nature.com/articles/s4159…

It was a long way. By now our anti-TRBV9 mAb — seniprutug — has finished phase II in AS. Can't wait for the results of all the trials. nature.com/articles/s4159…

Написал небольшой гайд по написанию приложений для @flipper_net yakovlev.me/hello-flipper-…

An amazing read about #AlphaFold2 from the academic point of view. I've found several answers to the questions I've mentioned in my post. I'll try to summarize them in a new one. But you better read @MoAlQuraishi's article.

@lena_voita @n0mad_0 Спасибо большое :) Может, действительно, имеет смысл перевести, не думал об этом.

@zmactep @n0mad_0 Подача просто обалденная - спасибо! Бесконечно жаль, что это не могут прочитать те, кто не говорит по-русски - теряют очень много.

Всю неделю наблюдал в соцсетях комментарии про #AlphaFold2. Не выдержал и написал заметку про то, что я сам думаю по этому поводу. yakovlev.me/para-slov-za-a…

@superbobry Попробую. Судя по прошлому разу, это где-то через год будет.

@zmactep Осталось теперь написать ревью на статью, когда она появится!

@superbobry Хотел написать два абзаца своего мнения, а потом мысль понеслась :)

@zmactep Очень интересно! Я всё порывался спросить, что ты думаешь, а ты взял и сам всё рассказал :)

@not_a_reptiloid Герман, спасибо! Рад, что за 6 лет прогресс есть :)

Don’t want to write big words that protein folding problem is solved, but the progress is quite impressive. #deepmind #alphafold2 deepmind.com/blog/article/a…

Как обычно, когда делаешь статью с @BiomoleculaRu, получается очень круто. В рамках спецпроекта будет еще много интересного, в том числе и про то, что происходит у нас в #BIOCAD. biomolecula.ru/articles/genna…

BIOCAD anti-IL6R mAb levilimab is the first approved drug in the @ChineseAntibody & @TheAbSociety list of antibody-based therapeutics for #COVID19 chineseantibody.org/covid-19-track/

Мы тут собрали то немногое, что можно рассказывать про нашу жизнь последние несколько месяцев и написали на Habr. habr.com/ru/company/hse…

Thank you so much. It was great as always. See you next year!