Brazilian Python Workshop for Biological Data

A modelagem 3D de RNA é um processo que, apesar de ser bem pesquisado, requer a instalação de diversos pacotes e bibliotecas. Por isso, @MarcinMagnus criou o rna-tools.online, em #Python, uma plataforma web que facilita o uso pelo usuário. Leia: bit.ly/3R0psU0

The past few years have been tough for science in Brazil. @CorreaSantosRA, @CrestanaGustavo, @VischiWinck and Jéssica Mendes summarize six problems and challenges confronting research and innovation in Brazil and how to address them. elifesciences.org/articles/90533…

@BVFAPESP @cenapadsp Estas pesquisas do Renato foram desenvolvidas no @CNPEM, na @fcfrp_usp e no @lge_unicamp, sob orientação do @diegoriano, @FungalSao e @carazzolle. Parte das pesquisas tiveram colaboração do @papinsysbio e do @RokasLab, nos EUA, e da @Ana_Alastruey, na Espanha.

Na nossa conversa sobre #TheLastOfUsHBO vimos que os fungos podem ser perigosos para nós, mas também têm papel positivo. Agora, com o @CorreaSantosRA vamos aprender sobre duas pesquisas que envolvem benefícios e perigos dos fungos. Vem no fio comigo 🧶

Para interessados, a apresentação está disponível no link: raw.githubusercontent.com/brazilpythonws…

Este ano novamente pude apresentar a palestra "Boas práticas de programação e reprodutibilidade de scripts Python" no V Workshop Python para Dados Biológicos @BrazilPythonWS . Muito feliz com o convite, @CorreaSantosRA !

phenopype é um pipeline de análises implementado em #Python, utilizado para extrair dados fenotípicos de imagens. Foi desenvolvido por @mluerig e publicado na @MethodsEcolEvol. bit.ly/3K3BJER

@SDuninHorkawicz et al. (2022) desenvolveram localpdb, uma biblioteca #Python que fornece uma estrutura simples e permite criar uma imagem espelhada local estruturas proteicas disponíveis no banco de dados #PDB e outros recursos relacionados. Veja mais em: bit.ly/3Bksn5w

Hoje @vhfsantos colocou no ar a lista dos 40 selecionados para a 5ª edição do Workshop de Python para Dados Biológicos. Confiram aqui: wpdb2022.netlify.app/participantes/ #Python #Biociências #Programação #Workshop #Educação

18 materiais gratuitos e em português para aprender Python:

Opfi, um pacote feito em #Python para identificação de clusters gênicos, criado por Hill et al, pode ser utilizado para verificar genes que realizam funções específicas em clusters genéricos, permitindo conhecer novas funções gênicas. bit.ly/3RMl4ck Obrigado @scaketti!

O Community Simulator é um pacote em #Python criado por @MarslandBobby et al. para simular dinâmicas populacionais microbianas de forma reproduzível, transparente e escalável. Seu algoritmo chega ao estado de equilíbrio de populações. bit.ly/3nZRKBC Thanks, @leoreidela!

Gsmodutils é uma ferramenta em #Python, desenvolvida por Gilbert et al. (2019), amplamente utilizada na biologia sintética e na microbiologia industrial para simulações metabólicas usando modelos em escala genômica (GEM). Veja mais em bit.ly/3NJkwB0 Thanks @ph_narciso!!

#EVANGELIST é uma ferramenta em #Python elaborada em parceria com o @TU_Muenchen, que por meio do cálculo do conteúdo GC (%) avalia a #evolução dos cromossomos de #peixes e de outros vertebrados. Disponível em: bit.ly/3npxqcs Thanks @RAISSA_MEL0 for sharing!!

Now we have a Github organization! 🥳 The main purpose is to have a place where we will organize annual teams and repositories hosting websites, teaching materials, and research information (e.g., posters in scientific conferences). Visit it here: github.com/brazilpythonws

@michelli_gf, obrigado por compartilhar o artigo!

MatteoPalù et al. (2022) desenvolveram o KEMET, uma ferramenta implementada em #Python com objetivo de avaliar módulos KEGG e expandir a anotação de genomas microbianos por buscas direcionadas com sequências ortólogas.

@scaketti obrigado pela sugestão de paper! :)

A utilização de #MachineLearning em #Python se tornou muito importante e muitos usam suas ferramentas para solucionar problemas. @miguelprocha et al. criaram o ProPythia, um pacote focado na manipulação e classificação de proteínas. bit.ly/3O3pbyI

Pacote em #Python criado por @ghislainv, ForestAtRisk é capaz de processar arquivos RASTER de alta definição, para identificar áreas de risco de desmatamento nos trópicos. Acesse: bit.ly/3toBxJd