Michelli Gonçalves

Bridging the Python Training Gap for Bioscientists in Brazil: Improvements and Challenges biorxiv.org/cgi/content/sh… #biorxiv_scicomm

Beautiful fungi contamination plate! 🍄 #microbiology #fungi

@chicoma_angel Amazing work! Congrats Luis 👏

Behind this award for best oral presentation is the support of a great team. Happy to have them by my side. #biologicalcontrol #microbiology

Hoje @vhfsantos colocou no ar a lista dos 40 selecionados para a 5ª edição do Workshop de Python para Dados Biológicos. Confiram aqui: wpdb2022.netlify.app/participantes/ #Python #Biociências #Programação #Workshop #Educação

Opfi, um pacote feito em #Python para identificação de clusters gênicos, criado por Hill et al, pode ser utilizado para verificar genes que realizam funções específicas em clusters genéricos, permitindo conhecer novas funções gênicas. bit.ly/3RMl4ck Obrigado @scaketti!

Gsmodutils é uma ferramenta em #Python, desenvolvida por Gilbert et al. (2019), amplamente utilizada na biologia sintética e na microbiologia industrial para simulações metabólicas usando modelos em escala genômica (GEM). Veja mais em bit.ly/3NJkwB0 Thanks @ph_narciso!!

O Community Simulator é um pacote em #Python criado por @MarslandBobby et al. para simular dinâmicas populacionais microbianas de forma reproduzível, transparente e escalável. Seu algoritmo chega ao estado de equilíbrio de populações. bit.ly/3nZRKBC Thanks, @leoreidela!

MatteoPalù et al. (2022) desenvolveram o KEMET, uma ferramenta implementada em #Python com objetivo de avaliar módulos KEGG e expandir a anotação de genomas microbianos por buscas direcionadas com sequências ortólogas.

Please RT: I will have a full-funded 3.5 year PhD studentship available in Oct 2022 (hopefully) or the year after (definitely). Determining unique carbon & phosphorus acquisition mechanisms driving the success of Flavobacterium in the plant microbiome.

Are you interested in recovering genomes from Prokaryotes, viruses, and/or Eukaryotes? We just released the MuDoGeR: github.com/mdsufz/MuDoGeR Let us know what you think about the tool. The manuscript will be uploaded to @biorxivpreprint in the next few days. #bioinformatics

@WBDSLA @sarmanhon

❗ Opportunity

Pacote em #Python criado por @ghislainv, ForestAtRisk é capaz de processar arquivos RASTER de alta definição, para identificar áreas de risco de desmatamento nos trópicos. Acesse: bit.ly/3toBxJd

@chicoma_angel 👏👏

Analysis of secondary #metabolites with potential use in the #biologicalcontrol of #pests and #phytopathogens.

O #iNucs é uma ferramenta de #bioinformática escrita em #Python para visualização de redes de interação no nível de #nucleossomos e desvendar a organização do genoma. O artigo foi publicado na @OUPBioinfo bit.ly/3z01keg

Manish Goel e Korbinian Schneeberger desenvolveram o plotsr uma ferramenta implementada em #Python via #CLI, que permite a visualização de forma simples e flexível de semelhanças estruturais e grandes rearranjos entre múltiplos #genomas. Veja mais: bit.ly/3sA5NR5

👉 Workshop gratuito idealizado pelo biólogo Renato Corrêa (@CorreaSantosRA), membro da RedeComCiência, ensina linguagem de programação para biocientistas. 🗒 Leia mais sobre o projeto @BrazilPythonWS no nosso site: redecomciencia.org/post/workshop-… #AçõesDaNossaComunidade #Python

Hachimi et al. desenvolveram a biblioteca Data Science Toolkit em #Python, implementando algoritmos de #DataScience e facilitando a manipulação de dados de diversas áreas, unindo funções de processamento de imagens, #MachineLearning e visualização de dados bit.ly/3l6hYAP

O pacote NSDPY é uma ferramenta implementada em #Python desenvolvida por Hebert e Meglécz da @univamu, uma alternativa para recuperação de grandes quantidades de sequências dos bancos de dados do #NCBI, simplificando buscas a partir de termos de pesquisa bit.ly/3EA2bDw

Life of a Microbiologist 😃 👇

Tools for Analyzing Time Series of Satellite Imagery (TATSSI) foi desenvolvido por pesquisadores do @Conacyt_MX, em #Python e com uso de #Jupyter Notebooks. #TATSSI tem diversas funções, como download de dados temporais de satélites e análises de dados. bit.ly/3vdqZwN