くろたんくLab
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@blacktanktoplab
博士（工学） 環状ペプチドデザイン、アカデミックコーチング・ケモインフォマティクス/バイオインフォマティクスコンサルティング・各種データ情報解析 お仕事のお問い合わせはHPからお願いします。mond:https://t.co/NK6aWkgt2g
Isomorphic LabsによるAlphaFoldの創薬応用レビュー論文 構造予測の仕組み、バーチャルスクリーニング、SBDD、タンパク質間相互作用、分子グルー、抗体設計が網羅的にまとめられているだけでなく、限界や課題も率直に議論されています The rise of AlphaFold in drug design sciencedirect.com/science/articl…
In binder design, Genie 3 yields gains on the AlphaProteo benchmark set. Compute-normalized or not, it's almost always the best model, with up to 20x gains on some hard multimeric tasks. Its lowest success rate is >1% per GPU hour, while other models can fail entirely. 4/8
相互作用するタンパク質同士の片方を環状ペプチドにするやり方結構やられているんだけど、どうやってそのPDBを作ってるんだろうか？Pymolで直接環状化とかしているんだろうか？ 今の時代Claudeで簡単にできるし、相互作用面の鎖状ペプチド→環状化のツール開発してみましょうかね。
