Ryohei Kobayashi

Happy to share our recent article in JACS Au @ACSPublications ! We performed all-atom MD simulations to reveal the molecular basis of the rotation-direction-dependent mechanism of the inhibitor protein IF1 for mitochondrial ATP synthase. pubs.acs.org/doi/10.1021/ja…

クレイグ・ベンター研究所から、非生命から生命を合成する方法がプレプリントとして発表されました。人類がゼロから生命を創れるようなるための大きなマイルストーンです。 biorxiv.org/content/10.648…

関くん、おめでとうございます！

Our paper on AlphaFold-facilitated Markov state modeling of Na+-Pumping NADH-Quinone Oxidoreductase is out. Congrats Seki-kun! He also submitted his PhD thesis today. pubs.acs.org/doi/10.1021/ac…

リポスト協力お願いします🙇‍♂️🙇‍♂️🙇‍♂️ 分子研を大学院の選択肢に入れてみませんか？ 全員に経済支援あり💰修士で年130万円～、博士で年180万円～。世界レベルの環境が岡崎にあります。名古屋へのアクセスも良く、生活費も抑えられます。 旅費出るので、まずはオープンキャンパスへ！ims.ac.jp/opencampus/

以前submitしたbiorxivについて、出版済みJACS Au論文との紐付けがなされていなかったので、担当チームに連絡いたしました。 biorxiv.org/content/10.110… タイトルや著者での紐付けを行なっているようで、変更点があると追跡できないとのことでした。 わずか1日で対応していただき大変助かりました。

論文が出版されました！ 生化学反応は温度変化によってその速度が変化しますが、その遅くなり方は反応によってまちまちです どのような調整を行えば、温度低下に対して代謝ネットワークを"機能したまま"の状態に保てるのかを調べました jstage.jst.go.jp/article/biophy…

私も少しだけ講演させていただきました。 はじめての試みでしたが、自分の学生時代を思い出して、やってよかったこと・ぜひやってほしいことなどを紹介するよい機会になりました。 春日部高校の皆様、お越しいただきありがとうございました!

蛋白質科学会で講演する機会をいただきました。学生さんや共同研究者のみなさんに助けていただきながら、F1をエンジニアリングしています。論文にしていない内容ばかりですのでぜひお越しください!

Invited by Prof. Taekjip Ha, we present core progress in nanopore single-molecule chemistry in Annual Review of Biophysics—covering pore engineering, modification techniques, and machine learning applications! Please share with anyone interested.go.shr.lc/4qID4Fv

計画班・松浦グループの研究成果をプレスリリースしました。NTPを安価に高効率で合成する酵素を発見し、これをmRNA合成に応用できることを示しました。現在、木賀G,油谷Gと共同で、続きの研究成果に関する論文を用意しています。 eurekalert.org/news-releases/… isct.ac.jp/ja/news/x26z56…

参加させていただきました! 素晴らしい結果・トークに圧倒されました。 ご紹介いただいたツールをColabで実際に使ってみようと思います。

Protein Hunter：拡散モデルの構造hallucination能力を活用したタンパク質設計手法。全X配列→構造生成→MPNN配列設計→再予測のmulti-step diffusionで配列と構造を共最適化。タンパク質・低分子・核酸binder、環状ペプチド、モチーフスキャフォールディング、抗体CDR最適化に対応。 ソースはリプ⬇️

Can we design mutations that predictably bias proteins towards desired conformational states? Today in @ScienceMagazine, we introduce Conformational Biasing (CB), a simple and scalable computational method that uses contrastive scoring by inverse folding models to identify conformation-biasing mutations. science.org/doi/10.1126/sc…

大貫さんのAlphaFold3 拡散生成モデルにおけるサンプリング促進についての論文を公開しました。

Uncovering the link between ATP synthase and the TCA cycle by crosslinking mass spectrometry biorxiv.org/content/10.648…

12月10日、東京科学大学湯島キャンパス（旧東京医科歯科大学）のM&Dタワー4階にて、第1回生体分子設計研究会が開かれました。 biomol-des-ws.github.io 100人を超える部屋一杯の学生・大学＆企業研究者が参加してくださいまして、大成功のうちに会を終えることができました。

Happy to share our recent manuscript published in @PNAS from @tokuriki_lab @utnk1 ! Our bioinformatic analyses reveal an important and overlooked role of alkaline phosphatase, a common cloning enzyme, in phosphite metabolism. pnas.org/doi/10.1073/pn…

Our paper on membrane constriction by dynamin has been published. Congratulations to Iqbal-san! pubs.acs.org/doi/10.1021/ac…

@Ag_smith @MasaSomiya @KotaroTsuboyama @AiNiitsu212 + 分子研・小杉さんと、タンパク質デザインに関する研究会を企画しています。ぜひご参加ください！ (定員60名予定) 【日時】2025/12/10 (水) 13–17時 【場所】東京科学大学 湯島キャンパス (対面のみ) 【参加登録】biomol-des-ws.github.io/activities