Akihiro Kuno

Our paper is now published in @PLOSBiology by way of @ReviewCommons!! We developed a software, DAJIN, to identify intended/unintended mutations caused dy CRISPR/Cas genome editing at on-target region. journals.plos.org/plosbiology/ar…

筆頭論文が公開されました。JCMが保有する原核生物株のうち、種を代表する基準株や、技術的に培養の難しい株を中心に、351株の全ゲノム配列を解読いたしました。様々な生命科学分野の基盤となると期待されます。 genome.cshlp.org/content/36/4/8…

Quantitative prediction of nonsense-mediated mRNA decay across human genes by genomic language model and large-scale mutational scanning biorxiv.org/content/10.648…

AI for Science萌芽的挑戦研究創出事業（SPReAD）の情報きたよ

ChromBERT: A foundation model for learning interpretable representations for context-specific transcriptional regulatory networks dlvr.it/TRxGMH

New! Online now: How to train your rodent: Recommendations for the preclinical study of exercise-induced benefits in metabolic research dlvr.it/TRv9vZ

In a new Science study, researchers report that specific regions dense in cytosine and guanosine dinucleotides are epigenetically modified during inflammation to enable gene expression and that these changes persist during the animal’s lifetime. The finding has implications for understanding how the genome determines the longevity of memory, which affects tissue fitness. Learn more in a new #SciencePerspective: scim.ag/3PCKQU1

Which part of the human body is this? Photomicrograph from @ziad_zaatari

2026年度の研究提案募集を開始しました。 jst.go.jp/kisoken/boshuu… 公募の締切 ◎さきがけ・ACT-X：5/26（火）正午 ◎CREST：6/2（火）正午 いくつか変更点と注意事項がございますので、以下お知らせページをまずはご確認ください。 jst.go.jp/kisoken/boshuu…

gbdraw v0.9.1 is out now on Bioconda! Easily visualize microbial genomes and enjoy the #gbdraw web app completely offline. 📦 Install via Bioconda: bioconda.github.io/recipes/gbdraw… 🌐 Try the online app: gbdraw.app #bioinformatics #genomics #microbiology #visualization

CREsted: an efficient and user-friendly toolbox for analysis, modeling and design of cell-type-specific enhancers. nature.com/articles/s4159…

Gauss meets real life. Also - Notice how people lifting 95 already say, “Fuck it, let’s do 100” - so there’s a discontinuity point. Mathematical theory faces reality.

DNA言語モデルに関するプロトコール論文をPublishしました！ doi.org/10.21769/BioPr… さくらインターネットのGPUクラウドを利用して、塩基編集ツールのオフターゲットやシスエレメントを予測するためのDNABERT-2ファインチューニングモデル作製方法を紹介しています。 #PtBio

筑波大学新聞 @ut_shimbun の「新入生におすすめの一冊」に寄稿いたしました。私が推薦したのは、南木佳士氏の『医学生』です。新入生の皆さまが、筑波大学での学生生活を思う存分楽しみ、充実した日々を送られることを願っています！ 全文はこちらからご覧いただけます： tsukuba.ac.jp/about/public-n…

【🌸最新号発行✍】 筑波大学新聞第392号を発行しました ・宿舎値上げ最長１年延期 ・男子駅伝チームの現在地🏃 ・特集 つくばの歴史を探検しよう ・特集 新入生にお薦めの一冊📚 など盛りだくさん！ 第392号は学内外で配布中 以下からもご覧いただけます tsukuba.ac.jp/about/public-n…

今井研の大学院生が企画しているZoom論文輪読会（ジャーナルクラブ）、今年もやります。発表は主に大学院生ですので、学部生は聞くだけの参加でもOKです。初心者歓迎。例年、いろんな大学から参加があります。週に1回で、初顔合わせは5月14日(木)18:00～。参加登録はこちら→ forms.gle/YDYq89oxuvNKE5…

Japanese software testing ads go HARD

共同研究講座助教の中前さんと坊農による研究論文（プロトコール） Workflow for Fine-Tuning and Evaluating DNA Language Models for Specific Genomics Issues. DOI: doi.org/10.21769/BioPr… が bio-protocol 誌に公開されました #bonohulab

そのキャリアパスは，誰の「正解」ですか？ 髙柳 大 jstage.jst.go.jp/article/yukigo… 非常に感銘を受けました。 全学生に読んで欲しいです。

Gene isoforms are quantified with a machine learning method that optimally integrates long and short sequencing reads go.nature.com/4dR8OTC rdcu.be/fa3BX

【📢助成事業リニューアルのご案内】 研究助成・海外留学助成ともに助成金額を増額✨ 上原財団は研究者の未来を応援します😄 #上原記念生命科学財団 #TheUeharaMemorialFoundation #研究助成 #海外留学