Akimasa Miyanaga

Our paper on the structural analysis of a modular PKS has been published in Nature Communications. We anticipate that the ASR strategy will facilitate the structural determination of various multi-domain proteins. nature.com/articles/s4146…

トロイの木馬型抗生物質Albomycin δ2の生合成機構に関する論文。システインプロテアーゼ様のCys-His-Asp触媒三残基を持つ特異なアシル基転移酵素AbmCが、NRPSキャリアタンパク質に結合したシデロフォアに対してSB-217452とのアミド結合形成を触媒する。Ben Liu group, JACS pubs.acs.org/doi/10.1021/ja…

植物の細胞壁を作る重要成分「キシログルカン」は、2つの酵素XXT2とXXT5が協力して作られる。本研究は、その酵素がペアを組んで働く立体構造を初めて解明。植物の成長や強さを支える仕組みの理解が進み、作物改良への応用も期待される。Nat. Commun nature.com/articles/s4146…

Nonribosomal peptide synthetase（非リボソームペプチド合成酵素、NRPS）の thioesterase（チオエステラーゼ、TE）ドメインというと、一般には Ser-His-Asp 型の触媒三残基が思い浮かびますが、この論文では MacB-TE が Cys 依存的に macolacin 前駆体を高効率に環化することを紹介しています。 pubs.acs.org/doi/10.1021/ac… 特に、合成 SNAC thioester 基質を用いて、リニアな前駆体から環化体へほぼ定量的に変換し、加水分解物をほとんど出さないことからあ、実用的な macrocyclization biocatalyst として見て面白いですね。個人的に重要だと思うのは、C89S 変異体で加水分解は進むが環化しない、という観察です。これは「Cys でも Ser でも似たようにアシル酵素中間体を作るだけ」という単純な話ではなく、最終的な intramolecular aminolysis、つまり Dab4 側鎖アミンによる環化の成立に Cys がかなり本質的に関与していることを示唆しています。一方で、D116S がある程度活性を保持する点は意外で、Cys 型 TE の触媒機構が古典的な Ser 型 TE の延長だけでは説明しにくいことを示しています。 また、alanine scan でも N 末端 lipid 置換でも、かなり広い基質許容性を示している点も面白いですね。全合成だけで誘導体展開するより、こうした TE を使って late-stage に環化できるなら、アナログ合成の自由度は上がります。Bioinformatic に予測された NRPS 産物の環化位置を、合成前駆体と TE 反応で検証するという使い方が、今後の未単離天然物や synthetic-bioinformatic natural product の構造確認にも応用できそうです。

流行りのChatGPT画像まとめを構造生物学の各手法について作ってもらったら、細かい指示なしにまずまずの出来。

De Novoでケトリダクターゼを創出。しかも残基数はたったの130。日本もこういう分野で強みを発揮したいが、相当出遅れている印象 pubs.acs.org/doi/10.1021/ja…

Delighted to share this amazing collaborative study involving our laboratory @IITKanpur now published in @Nature! This was spearheaded by David Baker's lab @UWproteindesign with contributions from several labs across the globe! Link: nature.com/articles/s4158…

AWARD REVIEW Evolution of gibberellin biosynthesis: insights from bryophytes to flowering plants Sho Miyazaki doi.org/10.1093/bbb/zb…

Characterization of ancestral l-arginine and l-lysine oxidase Kana Uchida and others doi.org/10.1093/bbb/zb…

Polyketide synthase–like functionality acquired by plant fatty acid elongase | Science Advances science.org/doi/10.1126/sc… @ScienceAdvances

We re-investigated the HExxH enzyme DarF and proposed a dehydrogenation-epoxidation reaction. We linked DarF to the dehydrodarobactin A biosynthesis and proposed first epoxidized darobactin | Org Biomol Chem doi.org/10.1039/D6OB00…

BINDS発現・機能解析インシリコ解析融合ユニット講習会 日時：6月5日 15:00-17:05 開催方法：オンライン（Zoom） 参加費：無料 参加登録：　forms.cloud.microsoft/r/zfUBQmijU5

Congratulations to Chandel lab for demonstrating that a metabolite once considered purely “toxic” may actually be a key signaling molecule in cells and organisms. This study demonstrates that l-2-HG functions in signaling by regulating epigenetic state via KDM4/H3K9me3 demethylase and linking redox state to transcriptional repression. The study provides initial words in “Metabolic Language” of transcription. nature.com/articles/s4158… @NU_BMG_SQE @NUFeinbergMed @Nature @CellPressNews @ScienceMagazine @MolecularCell @theNASciences @theNAMedicine @NorthwesternU @NatMetabolism

Happy to share this new paper on the evolution of modified peptide synthesis systems. Congratulations, Sasha!!! nature.com/articles/s4146…

干ばつになると、植物は鉄を取り込む力や免疫を弱め、その結果土壌細菌ストレプトマイセスが根に集まりやすくなることが判明。一部の菌は植物の成長を助け、鉄不足の回復にも貢献する。植物が干ばつ時に微生物へ“救援信号”を出している可能性を示す発見である。Cell cell.com/cell/abstract/…

スタッフ2名を募集！ 徳島大学・有田研にて、クライオ電顕による構造解析、クロマチン・DNAメチル化研究に興味のある方歓迎です。 新しい研究室で、一緒に研究基盤を作ってくださる方を募集しています。 ご興味のある方はお気軽にご連絡ください。 jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDe… jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDe…

論文2026-11 Nicotine biosynthesis is completed by cryptic activating glucosylation Nat Commun 2026 先日のCellの論文とは別グループがニコチン生合成解明を報告。やはりニコチン酸の配糖化と脱離が鍵でしたね。BBLなど機能が見えてきて面白い。 x.com/APlantScientis…

日本農芸化学会 さんわか×金沢大 ミニセミナー 「産官学の現場から語る研究者のリアル」 6月9日(火) 金沢大学 ナノ生命科学研究所 参加費 無料 jsbba.or.jp/science_edu/sa…

天然物 nectriatide と抗真菌薬アムホテリシンB (AmB) はともにエルゴステロールに結合して相乗効果を示す: pubs.acs.org/doi/10.1021/ac… AmBの効果増強を指標に単離されたnectriatide．その標的分子が明らかにされました．半世紀以上にわたって使用されてきたAmBは、臨床では最後の切り札と言われる ⇒

Announcement: Postdoctoral and graduate student positions are available in the Duke University School of Medicine, Department of Biochemistry, in the Yokoyama Lab. sites.duke.edu/yokoyamalab/

宮崎県フェニックスシーガイアリゾートで天然物化学談話会を開催します！ 参加登録は5月30日までですのでみなさん登録のほどよろしくお願いします！ ↓↓特設サイト↓↓ sites.google.com/view/59np-danwa