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12/31付けで東海国立大学機構を退職しました。今後、研究についてつぶやくことはなくなると思われます。お世話になりました。
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Hiroki Onoda
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Hiroki Onoda
@onoda_hiroki
Biochemist & Structural biologist. NU, UoA, YCU, NU, AichiSR BL2S1, cherry tomatoes, 脱アカデミック https://t.co/qy5deoZoqw @VioWaveRoentgen
Katılım Kasım 2019
192 Takip Edilen531 Takipçiler
確認を取ったところ、
4桁のPDB IDの最初の文字は1～9までの数字、8桁のPDB IDの右から4桁目はアルファベットを許容するとのこと。
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確認を取ったところ
4桁の拡張前のPDB IDでは4桁目は1~9縛りとのこと。
8桁のPDB IDでは4桁目にアルファベットが許容されるらしい。
つまり4桁PDB IDはもうすぐ尽きそうですね！
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Boltz-2よりちょっと精度が悪いけど10倍速く計算できる大規模インシリコスクリーニングツールBoltzinaの論文が公開されました。@yumizsui が1stです。NeurIPS 2025 AI4Mat WorkshopのFull Paperです。
📜openreview.net/forum?id=OwtEQ…
💻github.com/ohuelab/boltzi…
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シンポジウム AlphaFoldの今ーAIが拓く次世代の生命科学、立ち見40名以上の大盛況で終了しました！ご来場頂きありがとうございました！
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The Shoji group (A03) has developed a synergistic strategy to construct a metal-responsive cyclic protein assembly by integrating generative protein design with synthetic porphyrin chemistry. | published in Small
doi.org/10.1002/smll.2…
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論文でました。今度はインクにしてみました。色素を閉じ込めたよ。面白い挙動もあるので是非みてください。⚽️
misteINK: A Protein Nanocage-Based Ink with Reversible, Stimuli-Responsive Color Shifts - now published in Biomaterials Science pubs.rsc.org/en/content/art…
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当研究室の菊地さんの活躍が紹介されました。
おめでとう！
yokohama-cu.ac.jp/news/2025/2025…
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植物の維持メチル化酵素MET1のクライオ電顕構造を解きました！
動物のDNMT1とは予想外に異なる制御機構があり、構造予測とも違う部分がありました。
実験で構造を見る意義を示せたと思います。
まだ謎が多い植物の維持メチル化の分子機構解明に向けた第一歩です🌱✨
yokohama-cu.ac.jp/res-portal/new…
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渡辺所長の英断により、分子研SRAは2024年度より学振DCを超える額を支給しています。研究意欲あふれる学生の挑戦を歓迎します。冬入試出願締切は12月10日。
（画像は杉本Gより拝借 sugimoto.ims.ac.jp）
SRA→学振DCのインセンティブ維持のため学振DC学生にはSRAとの差額をRA費で支給しています。
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Even in this day and age, there was still no easy tool to calculate DNA Tm, molecular weight, and extinction coefficient for both ssDNA and dsDNA for multiple sequences at once. Therefore, I have released a simple web-based and Excel tool.
github.com/KYU49/DNACalcu…
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この令和のご時世になって、未だに簡単にDNAのTm, Mw, 吸光係数をssDNA, dsDNA両方について、複数配列一斉に計算するツールが存在しなかったので、ウェブベースとExcelで簡単に計算するツールを公開いたしました。
github.com/KYU49/DNACalcu…
#DNA #Tm #MolecularWeight #ExtinctionCoeficient #Tool
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Structures of USP7 in active and inactive states bound to DNMT1 revealed by cryo-EM dlvr.it/TMvQgP
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この度、第19回バイオ関連化学シンポジウムにて若手講演賞に東大山東研齋藤助教、理研萩原ラボ草野上級研究員と共に選んでいただきました！
聞きに来ていただいた皆様、共に研究を推進していただいた皆様等々感謝しきれないですが、今後も頑張っていきたいと思います！ありがとうございます!!!!!
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RFdiffusion2 is open sourced!
github.com/RosettaCommons…
Indrek Kalvet@ikalvet
RFdiffusion2 is now live! github.com/RosettaCommons… You can now design proteins, and in particular enzymes from just partially defined amino acid side chains, and without defining their sequence position or order! Great job @r_krishna3 @woodyahern @dougtischer and everyone else!
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CueMol2 v2.3.0.460をリリースしました。github.com/CueMol/cuemol2… 一部の構造予測プログラムなどが吐くmmcifが読めない不具合や、chain nameに大文字小文字が含まれる場合のGUIの挙動を修正しました。
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github.com/VWRoent/RoentP…
ポットからチップを返却されると勝ち表示になるバグもありますが、ChatGPT5 Thinkingの11案目でGUIも出来ました。処理のプログラムも13案目なので、同時に作ってもChatGPT Plus（Thinking 200回/週）なら余裕そうですね。ノーコードで僕の実力だとo3やo4ではできなかった。
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お盆休みなのでChatGPT5でContextual BanditのポーカーAIを作って遊ぶなど。ノーコードでポーカーAIを作る試みはこれまでのバージョンのChatGPTでしていて、ChatGPT5 Thinkingでは前の実装が消えるなどなく、2000行弱でも省略もしなかったので、ストレスもなく24時間以内に完成しました。
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そのうち10時間は勤務時間、8時間ぐらいは睡眠時間ですので、実働は6時間ぐらいでした。（※お盆休みの前日朝に動き出してしまった為）
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